1.1

Исходные файлы

Команда: seqret 1input/"*.fasta" -outseq 1output/connected.fasta

Результат

1.2

seqretsplit ../1output/connected.fasta -auto ( Исходный, Результат)

1.3

seqret @script (Исходный, Результат)

1.4

transeq 3in/nc_011750.fasta 4out/prot.fasta -table=0 -frame=1 (Исходный, 'Результат)

1.5

getorf 3in/E_coli.gb -minsize=264 -circular=Y -outseq 5out/outseq.fasta (Исходный, Результат)

1.6

aligncopy 6in/alignment.fasta 6out/alignment.msf -aformat=msf (Исходный, Результат)

1.8

featcopy 3in/E_coli.gb -outfeat 8out/E_coli.gff (Исходный, Результат)

1.9

extractfeat 3in/E_coli.gb -type=CDS -outseq 9out/outseq.fasta (Исходный, Результат)

1.10

shuffleseq 1input/seq1.fasta 10out/shuffled.fasta (Исходный, Результат)

1.11

makenucseq -length=100 -amount=3 (Результат)

Задание 2.3

Скрипт берет на вход имя файла или USA и выдает три файла: output1-частоты мононуклеотидов, output2-частоты динуклеотидов (для того чтобы было легче проверять) и script_output.txt-файл с требуемыми данными. Также скрипт выводит нужные данные на командную стороку.