1.1
Исходные файлы
Команда: seqret 1input/"*.fasta" -outseq 1output/connected.fasta
Результат
1.2
seqretsplit ../1output/connected.fasta -auto ( Исходный, Результат)
1.3
seqret @script (Исходный, Результат)
1.4
transeq 3in/nc_011750.fasta 4out/prot.fasta -table=0 -frame=1 (Исходный, 'Результат)
1.5
getorf 3in/E_coli.gb -minsize=264 -circular=Y -outseq 5out/outseq.fasta (Исходный, Результат)
1.6
aligncopy 6in/alignment.fasta 6out/alignment.msf -aformat=msf (Исходный, Результат)
1.8
featcopy 3in/E_coli.gb -outfeat 8out/E_coli.gff (Исходный, Результат)
1.9
extractfeat 3in/E_coli.gb -type=CDS -outseq 9out/outseq.fasta (Исходный, Результат)
1.10
shuffleseq 1input/seq1.fasta 10out/shuffled.fasta (Исходный, Результат)
1.11
makenucseq -length=100 -amount=3 (Результат)
Задание 2.3
Скрипт берет на вход имя файла или USA и выдает три файла: output1-частоты мононуклеотидов, output2-частоты динуклеотидов (для того чтобы было легче проверять) и script_output.txt-файл с требуемыми данными. Также скрипт выводит нужные данные на командную стороку.